La historia de la ciudad está marcada por tragedias seguidas que asediaron una tras otra a sus pobladores. En 1538 un incendio dejó una huella imborrable que marcaría el inicio de una serie de tristes sucesos. En 1541 llega la noticia de la muerte de Pedro de Alvarado. El 11 de septiembre, una tremenda tormenta libera la furia del Volcán de Agua que inundó la ciudad con un torrente de lodo, donde entre sus tantas víctimas cobra la vida de Beatriz de la Cueva esposa del fallecido Pedro de Alvarado que dos días atrás había sido nombrada gobernante. Cuenta la leyenda que este acto de debió a que los nativos recibían maltratos por los españoles y que muy pronto les llegaría su castigo.
Fue fundada como ciudad en 1543, convirtiéndose en una de las más importantes del continente, pues se constituyó como la Capital del Reino, el cual comprendía Mesoamérica, lo que hoy es Chiapas y Soconusco (ahora en México), Guatemala, El Salvador, Honduras, Nicaragua y Costa Rica.